Parijs (F) – Onderzoekers van het Franse bedrijf Hybrigenics hebben de eiwit-interacties bij de bacterie Helicobacter pylori in kaart gebracht. De bacterie veroorzaakt bij mensen soms gastritis en maagzweren.


De laatste jaren stonden de genomen van diverse organismen in de belangstelling, maar insiders weten dat de meest relevante biologische informatie te vinden is in de eiwitten. Het DNA is slechts het instructieboek van de cel, de eiwitten daarentegen bepalen de functies en de vorm van de cel. Na de jacht op het genoom begint nu de zoektocht naar het proteoom: het geheel van eiwitten binnen een cel en hun onderlinge interacties.
In 1997 werd het genoom van de bacterie Helicobacter pylori gepubliceerd. Het was de eerste genoomsequentie van een menselijke pathogeen. De bacterie huist in de maag en darm van ongeveer de helft van de wereldbevolking. Soms veroorzaakt hij maagontsteking (gastritis) en ook maagzweren. In het tijdschrift Nature van 11 januari beschrijven Pierre Legrain en zijn medewerkers een groot deel van het proteoom van de bacterie. Zij vonden 1200 eiwitinteracties, waarbij zowat de helft van alle H. pylori-eiwitten betrokken zijn.
De onderzoekers maakten gebruik van een aangepaste gist-2-hybridetest. Ze onderzochten meer dan 250 ‘aas’-eiwitten (bait) tegen een collectie van ‘prooi’-eiwitfragmenten (prey) die representatief waren voor het gehele bacteriële proteoom. Ze brachten ‘aas’ en ‘prooi’ bij elkaar in een gist die alleen groeide als de twee eiwitfragmenten met elkaar een interactie aangingen. Volgens biologen wijst die test op een echte functionele relatie tussen beide eiwitten in het echte leven.
Soortgelijke interactiekaarten werden eerder opgesteld voor de bakkersgist en de nematodeworm, maar de onderzoekers gebruikten daarbij telkens hele eiwitten als ‘prooi’. Legrains techniek met eiwitfragmenten is nieuw en leidde er waarschijnlijk toe dat hij meer interacties vond dan normaal.
Het lijkt onwaarschijnlijk dat die interacties ook allemaal in werkelijkheid voorkomen. Toch zijn de microbiologen opgetogen over de gegevens. Ze hebben al een reeks eiwitten ontdekt die verklaart hoe de bacterie kan overleven in de zure omgeving van de maag. Synthetische eiwitfragmenten die de interacties tussen deze eiwitten blokkeren, zouden kunnen uitgroeien tot blockbuster-medicijnen in de strijd tegen gastritis en maagzweren.

Peter Raeymaekers