Craig Venter, de wetenschappelijk directeur van het bedrijf Celera Genomics, maakte op 6 april voor het Amerikaanse Huis van Afgevaardigden bekend dat zijn bedrijf 99% van het menselijk genoom kent.

Celera Genomics, een Amerikaans biotechbedrijf, stapte pas in september 1999 in de race naar de ontrafeling van het menselijk genoom. Tot dan toe had alleen een consortium van academische laboratoria, het Human Genome Project (HGP), de uitdaging aangenomen om de volledige genetische code van de mens te ontcijferen. Financiële steun verkrijgt dit consortium met name van de Amerikaanse overheid en de Engelse Welcome Trust Foundation.

Vandaag lijkt Celera een beslissende veldslag te winnen. Het kan als eerste de volledige sequentie van het menselijke genoom in handen krijgen. Celera gebruikte van meet af aan een snelle maar risicovolle benadering, de shotgun-methode. Het komt erop neer dat zij het menselijke DNA, dat uit een aaneenschakeling van ongeveer 3,5 miljard bouwstenen of basen bestaat, in kleine stukjes verdeelt. Vervolgens bepaalt ze afzonderlijk de volgorde of sequentie van de basen in elk van die DNA-fragmentjes, waarna computerprogramma’s de stukjes sequentie-informatie opnieuw aan elkaar rijgen en het menselijke genoom reconstrueren. Celera meldt nu dat zij van genoeg DNA-fragmenten de sequentie bepaalde om de computergestuurde assemblagefase op te starten.

Namaak-aanraak
LEES OOK
Namaak-aanraak

Deze bottom-up-benadering van Celera staat lijnrecht tegenover de top-down-methode die het HGP toepast. Daar bepalen de onderzoekers de sequentie per chromosoomsegment en is de assemblagefase minder kritisch. Vele kenners denken dat de computerprogramma’s van Celera niet krachtig genoeg zijn om de miljoenen fragmenten in elkaar te puzzelen tot één geheel, één genoom. Vorige week kregen deze critici echter lik op stuk. Celera publiceerde in het gezaghebbende tijdschrift Science de volledige genomische sequentie van het fruitvliegje (Drosophila melanogaster). Het bedrijf gebruikte hierbij dezelfde bottom-up-methode en bekwam een 99,99% accurate sequentie.

Over enkele maanden moet Celera ook de menselijke genoompuzzel hebben opgelost.

Meer informatie
Celera
National Center for Biotechnology Information